结构速递 | 一周“结构”要览 VOL.61(5.01~5.07)
上周发布了哪些“结构”文章？又取得了哪些科研进展？
结构速递栏目以每周“结构”相关领域刊文为主题，梳理一周结构发文大事记，“结构速递”为您传递最新、最快、最权威的结构资讯。
2023.5.01~2023.5.07
CNS刊登文章
01
Nature
2023/5/03
1.“Ligand and G-protein selectivity in the κ-opioid receptor”
κ-阿片受体(KOR)不仅是治疗疼痛的理想靶点，而且是治疗成瘾和情感障碍的理想靶点。然而，KOR镇痛药的发展受到相关致幻副作用的阻碍。KOR信号传导的启动需要Gi/o家族蛋白，包括常规亚型(Gi1, Gi2, Gi3, GoA和GoB)和非常规亚型(Gz和Gg)。致幻剂如何通过KOR发挥作用以及KOR如何决定G蛋白亚型选择性尚不清楚。
来自圣路易斯华盛顿大学医学院的车涛团队联合马里兰大学生物化学与分子生物学系的Jonathan F. Fay课题组使用冷冻电镜确定了KOR的活性状态结构与多个G蛋白异源三聚体-Gi1, GoA, Gz和Gg -的复合体。KOR–G蛋白复合物与致幻salvinorins或高选择性KOR激动剂结合。这些结构的比较揭示了对KOR–G蛋白相互作用至关重要的分子决定因素，以及控制Gi/o家族亚型选择性和KOR配体选择性的关键元素。此外，四种G蛋白亚型与KOR的激动剂结合表现出本质上不同的亲和力和变构活性。这些结果为阿片类药物和G蛋白偶联特异性在KOR的作用提供了见解，并为检测KOR途径选择性激动剂的治疗潜力奠定了基础。
原文链接
https://www.nature.com/articles/s41586-023-06030-7
2023/5/03
2.“Structural atlas of a human gut crassvirus”
CrAssphage和Crassvirales(以下简称crassviruses)的相关病毒最初是通过元基因组序列的交叉组装而发现的。它们是人类肠道中含量最多的病毒，存在于大多数肠道病毒组中，在某些个体中占病毒序列的95%。crassvirus很可能在塑造人类微生物组的组成和功能方面发挥重要作用，但大多数病毒编码的蛋白质的结构和作用尚不清楚，目前只有来自生物信息学分析的通用预测。
来自英国约克大学的Alfred A. Antson和Oliver W. Bayfield课题组合作提出了Bacteroides intestinalis病毒ΦcrAss001的冷冻电镜重建，为其大多数病毒蛋白的功能分配提供了结构基础。枪口蛋白在尾巴末端形成一个大小约为1 MDa的组件，并表现出一种以前未知的折叠，研究人员将其命名为“crass折叠”，它可能作为一个守门员，控制货物的射出。除了包装大约103kb的病毒DNA外，ΦcrAss001病毒在外壳和不寻常的尾部内有大量储存病毒编码的货物蛋白的空间。其中一个货物蛋白同时存在于帽状体和尾巴中，这表明有一种普遍的蛋白质排出机制，这涉及到蛋白质在通过尾巴挤出时的部分解折叠。这些发现为理解这些高度丰富的粗病毒的组装和感染机制提供了结构基础。
原文链接
https://www.nature.com/articles/s41586-023-06019-2
02
Cell
2023/5/02
“Structure-based discovery of conformationally selective inhibitors of the serotonin transporter”
5 -羟色胺转运体(SERT)可以重摄取回突触间隙的5 -羟色胺，是抗抑郁药物的靶点。SERT有三种构象: outward-open, occluded以及inward-open。所有已知的抑制剂都针对outward-open状态，除了ibogaine，ibogaine具有不同寻常的抗抑郁和戒断作用，并稳定inward-open的构象。不幸的是，伊博格因的复杂性和心脏毒性限制了对inward-open状态配体的理解。
来自美国耶鲁大学医学院的Gary Rudnick联合美国加州大学旧金山分校的Brian K. Shoichet以及Aashish Manglik和来自美国杜克大学医学中心的William C. Wetsel课题组合作在SERT的inward-open状态下对接了超过2亿个小分子。合成了36个排名靠前的化合物，其中13个有抑制效果;基于结构的进一步优化从中选择出了两种强效(低纳摩尔)抑制剂。它们稳定了SERT的outward-closed状态。其中一个与SERT结合的冷冻电镜结构证实了预测的结合状态。在小鼠行为测定中，两种化合物均具有抗焦虑和抗抑郁活性，效力高达氟西汀(百忧解)的200倍，而且一种化合物显著逆转了吗啡戒断效应。
原文链接
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(23)00406-3
2023.5.01~2023.5.07
子刊刊登文章
01
Cell Research
5.04
“Sensing unsaturated fatty acids: insights from GPR120 signaling”
02
Molecular Cell
5.05
“Structural basis of transcription reduction by a promoter-proximal +1 nucleosome”
03
Nature Structural & Molecular Biology
5.01
“Structural basis for RNA slicing by a plant Argonaute”
04
Nature Communications
5.02
1.“Structural basis for the self-recognition of sDSCAM in Chelicerata”
5.03
2.“Mechanism of assembly, activation and lysine selection by the SIN3B histone deacetylase complex”
5.03
3.“Detergent modulates the conformational equilibrium of SARS-CoV-2 Spike during cryo-EM structural determination”
5.03
4.“N-Formimidoylation/-iminoacetylation modification in aminoglycosides requires FAD-dependent and ligand-protein NOS bridge dual chemistry”
5.03
5.“Molecular architecture of the Gαi-bound TRPC5 ion channel”
5.03
6.“Structural basis for catalysis of human choline/ethanolamine phosphotransferase 1”
5.04
7.“Structure of dimeric lipoprotein lipase reveals a pore adjacent to the active site”
5.04
8.“Symport and antiport mechanisms of human glutamate transporters”
5.05
9.“Oligomeric scaffolding for curvature generation by ER tubule-forming proteins”
Science Advances
本周无
作者 | 谭佳鑫
审稿 | 肖媛
责编 | 囡囡
设计、排版 | 可洲
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